Seqera MCP Server

Seqera MCP Server とは？

Seqera MCP Server は Seqera 公式のホスト型エンドポイント（https://mcp.seqera.io/mcp）です。AI アシスタントが Seqera Platform 上で Nextflow パイプラインを起動・監視し、Wave コンテナを作成し、nf-core モジュールや公開シーケンスデータを検索できるようにします。

Seqera は、バイオインフォマティクスで広く使われているワークフローマネージャー Nextflow と、クラウドや HPC の計算資源でパイプラインを実行・監視するサービス Seqera Platform を手がける企業です。MCP サーバーはこのエコシステムを Claude、Cursor、VS Code などのチャット・コーディングアシスタントに持ち込み、研究者やバイオインフォマティクスエンジニアが自然な言葉で実行管理、モジュール検索、参照データの取得を行えるようにします。

Seqera MCP Server の使い方

Seqera Platform のアカウントが必要です。認証方法は 2 つあります。

• OAuth 2.1（推奨）：初回接続時にブラウザが自動で開き、Seqera Platform からサインインします。
• 個人アクセストークン：OAuth に対応していないクライアント向けです。Seqera Platform のアクセストークンを作成し、Authorization: Bearer <YOUR_ACCESS_TOKEN> として送信します。

Claude Code

Seqera のドキュメントに記載のコマンドです。

claude mcp add --scope=user --transport=http seqera https://mcp.seqera.io/mcp

その後、セッション内で /mcp を実行し、ブラウザで Seqera のサインインを完了します。

Claude Desktop と claude.ai

Settings を開き、「Add connectors」から「Add custom connector」を選び、https://mcp.seqera.io/mcp を入力して、認証方法に OAuth を選択します。サインインはブラウザで行います。

Cursor

~/.cursor/mcp.json を作成または編集します。

{
  "mcpServers": {
    "seqera": {
      "url": "https://mcp.seqera.io/mcp"
    }
  }
}

Cursor を再起動すると、初回利用時に認証のためブラウザが開きます。

VS Code

ユーザーの mcp.json（macOS は ~/Library/Application Support/Code/User/mcp.json、Windows は %APPDATA%\Code\User\mcp.json）に次を追加します。

{
  "servers": {
    "seqera": {
      "url": "https://mcp.seqera.io/mcp",
      "type": "http"
    }
  }
}

Codex と Windsurf

Seqera はどちらの手順も公開しています。Codex では、まず ~/.codex/config.toml の [features] に rmcp_client = true を設定し、codex mcp add seqera --url https://mcp.seqera.io/mcp と codex mcp login seqera を実行します。Windsurf は ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json で serverUrl を使います。

OAuth の代わりにトークンを使う

{
  "mcpServers": {
    "seqera": {
      "url": "https://mcp.seqera.io/mcp",
      "headers": {
        "Authorization": "Bearer <YOUR_ACCESS_TOKEN>"
      }
    }
  }
}

Seqera MCP Server の主な機能

• Nextflow を手がける Seqera による公式サーバー。
• Seqera Platform との統合で、Nextflow パイプラインの起動、監視、管理が可能。
• Wave コンテナサービスで、conda や pip パッケージからコンテナ環境を作成。
• 1,000 以上の標準化された nf-core バイオインフォマティクスモジュールを検索・実行。
• NCBI SRA、EBI ENA、GEO から公開シーケンスデータを検索・取得。
• Seqera Platform による OAuth 2.1 サインインと、代替手段としての個人アクセストークン。
• Claude Code、Claude Desktop、Cursor、VS Code、Codex、Windsurf の設定手順を公開。

Seqera MCP Server のユースケース

• 実行管理：「ワークスペースで nf-core/rnaseq パイプラインを起動して、その状態を確認して」
• 監視：「今週 Seqera Platform で失敗した実行はどれで、どのステップで失敗した？」
• 環境構築：「conda から samtools と bcftools を含む Wave コンテナを作って」
• パイプライン設計：「バリアントコール用の nf-core モジュールを探して、ショートリードのデータに向くものを勧めて」
• データ探索：「SRA でヒト肝臓組織の公開 RNA-seq データを検索して、アクセッション番号を一覧にして」
• エディタで Nextflow のコードを書きながら、アシスタントにモジュールの検索や実行状況の確認を直接任せる。

Seqera MCP Server のトラブルシューティング

• サインイン用のブラウザが開かない：クライアントが MCP の OAuth に対応していない可能性があります。代わりに Seqera Platform の個人アクセストークンを Authorization: Bearer ヘッダーで送ってください。
• Cursor にサーバーは表示されるがツールがない：mcp.json を編集したら Cursor を再起動し、ブラウザでの認証を完了してください。
• Windsurf がサーバーを無視する：Windsurf は url ではなく serverUrl を必要とします。
• Codex でサーバーを追加できない：先に ~/.codex/config.toml で rmcp_client = true を有効にし、codex mcp login seqera を実行してください。