Seqera MCP Server

什么是 Seqera MCP Server？

Seqera MCP Server 是 Seqera 官方托管的端点（https://mcp.seqera.io/mcp），让 AI 助手可以在 Seqera Platform 上启动和监控 Nextflow 流水线、构建 Wave 容器，并搜索 nf-core 模块和公共测序数据。

Seqera 是 Nextflow 背后的公司。Nextflow 是生物信息学领域广泛使用的工作流管理器，而 Seqera Platform 是其在云端和 HPC 计算资源上运行与监控流水线的服务。MCP 服务器把这一生态带进 Claude、Cursor、VS Code 等聊天和编程助手中，让研究人员和生物信息工程师能用自然语言管理运行任务、查找模块并获取参考数据。

如何使用 Seqera MCP Server？

你需要一个 Seqera Platform 账户。有两种认证方式：

• OAuth 2.1（推荐）：首次连接时，浏览器会自动打开，让你通过 Seqera Platform 登录。
• 个人访问令牌：对于不支持 OAuth 的客户端，创建一个 Seqera Platform 访问令牌，并以 Authorization: Bearer <YOUR_ACCESS_TOKEN> 的形式发送。

Claude Code

Seqera 文档给出的命令：

claude mcp add --scope=user --transport=http seqera https://mcp.seqera.io/mcp

然后在会话中运行 /mcp，在浏览器中完成 Seqera 登录。

Claude Desktop 与 claude.ai

打开 Settings，选择「Add connectors」，再选「Add custom connector」，输入 https://mcp.seqera.io/mcp，并选择 OAuth 作为认证方式。登录在浏览器中完成。

Cursor

创建或编辑 ~/.cursor/mcp.json：

{
  "mcpServers": {
    "seqera": {
      "url": "https://mcp.seqera.io/mcp"
    }
  }
}

重启 Cursor；首次使用时浏览器会打开进行认证。

VS Code

将以下内容添加到用户级 mcp.json（macOS 为 ~/Library/Application Support/Code/User/mcp.json，Windows 为 %APPDATA%\Code\User\mcp.json）：

{
  "servers": {
    "seqera": {
      "url": "https://mcp.seqera.io/mcp",
      "type": "http"
    }
  }
}

Codex 与 Windsurf

Seqera 对两者都有说明。对于 Codex，先在 ~/.codex/config.toml 的 [features] 下启用 rmcp_client = true，然后运行 codex mcp add seqera --url https://mcp.seqera.io/mcp 和 codex mcp login seqera。Windsurf 在 ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json 中使用 serverUrl。

用令牌代替 OAuth

{
  "mcpServers": {
    "seqera": {
      "url": "https://mcp.seqera.io/mcp",
      "headers": {
        "Authorization": "Bearer <YOUR_ACCESS_TOKEN>"
      }
    }
  }
}

Seqera MCP Server 的主要功能

• 由 Nextflow 背后的团队 Seqera 官方提供。
• 集成 Seqera Platform，可启动、监控和管理 Nextflow 流水线。
• Wave 容器服务，可基于 conda 或 pip 包创建容器化环境。
• 搜索并运行 1,000 多个标准化的 nf-core 生物信息学模块。
• 从 NCBI SRA、EBI ENA 和 GEO 搜索并获取公共测序数据。
• 通过 Seqera Platform 进行 OAuth 2.1 登录，并可退而使用个人访问令牌。
• 提供 Claude Code、Claude Desktop、Cursor、VS Code、Codex 和 Windsurf 的配置文档。

Seqera MCP Server 的使用场景

• 运行管理：「在我的工作区启动 nf-core/rnaseq 流水线，然后查看它的状态。」
• 监控：「我这周在 Seqera Platform 上哪些运行失败了，失败在哪一步？」
• 环境搭建：「用 conda 构建一个包含 samtools 和 bcftools 的 Wave 容器。」
• 流水线设计：「找出用于变异检测的 nf-core 模块，并推荐适合短读长数据的模块。」
• 数据发现：「在 SRA 中搜索人类肝脏组织的公开 RNA-seq 数据，并列出登录号。」
• 在编辑器中编写 Nextflow 代码时，让助手直接查询模块并检查运行情况。

Seqera MCP Server 常见问题排查

• 客户端没有打开浏览器进行登录：你的客户端可能不支持 MCP OAuth。请改为在 Authorization: Bearer 请求头中使用 Seqera Platform 个人访问令牌。
• Cursor 显示了服务器但没有工具：编辑 mcp.json 后重启 Cursor，然后完成浏览器认证。
• Windsurf 忽略了该服务器：Windsurf 需要 serverUrl，而不是 url。
• Codex 无法添加服务器：先在 ~/.codex/config.toml 中启用 rmcp_client = true，再运行 codex mcp login seqera。