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PubMed MCP Server

@hanxuanliang

Repository

About PubMed MCP Server

pubmed mcp server

#pubmed#mcp-server

Basic information

Category

Data & Analytics

License

MIT license

Runtime

python

Transports

stdio

Publisher

hanxuanliang

Config

Add this server to your MCP-compatible client using the configuration below.

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server-hanxuanliang": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "sync"
      ]
    }
  }
}

Tools

No tools detected

We auto-extract tools from the README. The maintainer can list them under a ## Tools heading to populate this section.

Overview

Was ist PubMed MCP Server?

PubMed MCP Server ist ein Dienst, der über das Model Context Protocol (MCP) den Zugriff auf die PubMed-Datenbank ermöglicht. Er erlaubt das Suchen von Artikeln, das Abrufen von Metadaten und das Herunterladen von PDF-Dateien aus der PMC-Sammlung. Das Tool richtet sich an Entwickler, die PubMed-Daten in MCP-kompatible Anwendungen einbinden möchten.

Wie benutzt man PubMed MCP Server?

Nach dem Klonen des Repositories und der Installation von uv wird die Umgebung mit uv sync eingerichtet. Eine .env-Datei kann den Download-Pfad konfigurieren. Der Server wird mit uv run main.py gestartet und läuft standardmäßig unter http://localhost:8977. Ein MCP-Client kann diesen Endpunkt im SSE-Modus verwenden.

Hauptfunktionen von PubMed MCP Server

  • Suche nach Artikeln anhand von Schlüsselwörtern
  • Abrufen von Metadaten (Titel, Abstract, Autoren, Schlüsselwörter)
  • Herunterladen von PMC-Artikeln als PDF
  • Konfigurierbarer Speicherort für PDF-Dateien
  • Einfache Integration über MCP und SSE

Anwendungsfälle von PubMed MCP Server

  • Automatisierte Literatursuche für Forschungszwecke
  • Extraktion von Artikelinformationen für Datenanalysen
  • Lokales Archivieren von PMC-Artikeln im PDF-Format
  • Einbindung von PubMed-Daten in KI-Assistenten oder Wissensmanagementsysteme

FAQ von PubMed MCP Server

Welche Voraussetzungen gibt es?

Python 3.12 oder höher und das Tool uv werden benötigt. Die Abhängigkeiten werden über uv sync installiert.

Wie konfiguriere ich den Download-Pfad?

In einer .env-Datei kann die Variable DOWNLOAD_PATH gesetzt werden. Standardmäßig werden PDFs unter /tmp/pubmed-pdfs gespeichert.

Wie starte ich den Server?

Der Server wird mit dem Befehl uv run main.py gestartet und ist dann unter http://localhost:8977 erreichbar.

Wie verbinde ich einen MCP-Client?

Der Client muss den Endpunkt des Servers im SSE-Modus verwenden. Die genaue Konfiguration hängt vom jeweiligen Client ab.

Welche PDFs können heruntergeladen werden?

Es werden ausschließlich PDF-Dateien von PMC-Artikeln heruntergeladen.

Comments

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